真菌性角膜炎主要以早发现、早治疗为治疗原则，治疗方法如下：

1、药物治疗：药物治疗以滴眼液的局部滴眼为主，而滴眼液包括丙烯类滴眼液与咪唑类滴眼液。目前效果较佳的多烯类滴眼液为纳他霉素滴眼液，因为纳他霉素对角膜的渗透性较佳，所以纳他霉素为目前抗真菌效果最佳的药物之一，但是使用纳他霉素之前需要对角膜的病灶进行清创，即医生于显微镜下对角膜病灶进行清创，方可开始使用纳他霉素滴眼液。咪唑类滴眼液亦可以用于局部滴眼，而且咪唑类药物具有可作用于全身的口服剂型，以及供静脉注射的剂型，但是其使用周期相对较长且效果略差；

2、手术治疗：对于较小的浅表感染灶，患者可以进行局部的浅表性清创。如果病变发展至角膜后弹力层，需要进行板层的角膜移植。病情严重的真菌性角膜炎患者可并发真菌性眼内炎，进而导致眼球不保，最终需要进行眼球摘除。