自体肾移植是指将自身肾脏取下后重新放回体内，此类肾移植属于所有肾移植手术中较特殊一类，特殊点在于患者不会产生排斥反应。自体肾移植多为患者存在原发病，例如部分患者结石手术时发生不可逆性输尿管损伤，此时可将接近正常的肾脏通过手术方式切取，灌注后放置在右侧髂窝位置，重新移植至患者体内，此类手术优点在于可保住肾脏及肾脏功能。

此外，部分患者是因为复杂肾脏肿瘤或血管畸形进行自体肾移植手术。此类患者将肾脏取下后在工作台将肿瘤切除，或纠正血管畸形再重新移植入患者髂窝。因此，自体肾脏移植临床较为少见，属于高深技术。