引起呼吸困难的疾病有很多，大多数与呼吸系统疾病相关，心血管系统疾病也会出现呼吸困难，需要根据具体的情况来选择相应的科室，具体如下：

1、呼吸科、呼吸与危重症医学科：一般而言呼吸困难首选呼吸科，呼吸科在某些医院叫呼吸与危重症医学科，两个科室诊断的疾病一致。因此，两个科室都可以选择；

2、心血管科：心血管疾病也会引起呼吸困难，例如胸闷、活动后的呼吸困难，是否选择心血管科需要根据呼吸困难的伴随症状决定。呼吸困难伴有心跳漏跳感，即早搏，这时可以选择心血管科。

总体而言，呼吸科疾病引起呼吸困难的可能性更大，因此，可以首选呼吸科进行就诊。呼吸科就诊后，医生会根据呼吸困难的症状特点以及伴随症状进行初步判断，首先进行胸部影像学检查，即进行胸片或者CT检查，根据影像学检查的结果再选择其它检查。