非结核分枝杆菌病经过专科医生治疗后可以治愈。比如非结核分枝杆菌肺病常继发于结构性肺病，像支气管扩张、先天性肺囊肿或者陈旧性肺结核。虽然非结核分枝杆菌肺病经过正规治疗以后可以治愈，但是合并的基础疾病，比如支气管扩张、肺囊肿，并不是随着抗非结核分枝杆菌治疗都能够得到治愈，对于基础疾病还是需要进行相应疾病的治疗。

非结核分枝杆菌病具体的治疗疗程目前不是十分明确，每个个体有存在不同的情况，需要根据患者的病情决定疗程。