肛周脓肿有97%以上的可能性要形成肛瘘。而如果不治疗肛瘘，感染原未被去除，则还会再出现肛周脓肿，复发现象将会出现，但个别情况除外，3%的肛周脓肿可能治愈以后不形成肛瘘，因此复发几乎很难避免。
在肛周脓肿治疗的时候，如果医生发现有可疑的感染内口，可能会进行肛周脓肿一次性根治术。一次性根治术成功的概率在50%左右，如果手术成功，则无肛周脓肿复发的可能性。但如果不成功，在急性感染期，内口判定不能达到百分之百，不能十分准确地找到内口，感染原没有被去除，则肛周脓肿将会再次出现复发的征象。