两只眼睛大小不同的原因主要有生理性的眼球大小，还有发育异常的问题，是否是先天畸形。在正常的情况下，两只眼睛大小也不会完全一模一样，如同10个手指头不可能完全一样，稍微有点不一样也无妨，不可能完全一样。还有一种情况，就是眼球是一样大小。实际上是因为眼皮没有抬起造成的一只眼大，一只眼小，属于一种假性的大小不同。部分人上睑下垂，上眼皮没有抬起，睁开的时候看着就是一只眼大一只眼小，此种情况需要进行手术治疗。另外一种情况下，是真正的一只眼大，一只眼小，患者眼球发育异常，从出生就是病变造成的先天性小眼球，或者是由于外伤、病变造成的眼球变小、萎缩。
一般在正常范围内，观察到眼睛大小有点差异是无妨的。如果是睁眼困难造成的眼大或者眼小，就是由于上睑下垂造成需要手术矫正，将上眼皮矫正以后就可以恢复正常。如果是先天性发育异常或者其他病变引起的眼大眼小，主要是针对病因治疗，但是也难以完全达到两只眼球一样。