磁共振检查对人体没有伤害，所以小孩检查磁共振对身体没有伤害。核磁共振的成像主要通过外磁场作用于人体，再通过电磁的脉冲射频作用人体中的氢原子核，氢原子核产生共振发生信号，再经过的计算机吸收信号转换图像，而CT是通过X线成像，所以核磁共振的检查对身体没有任何伤害，也非常安全。

到目前为止没有核磁共振检查对身体有伤害的相关报道，特别是怀疑胎儿畸形时，做完B超以后要进一步做检查，也可以利用核磁共振对胎儿畸形判断。既然可以用于胎儿进行检查，所以小孩能用核磁共振检查的尽量使用磁共振检查，少做CT。