胆总管结石微创手术治疗，即ERCP治疗，同样具有风险，术前会向病人交代，术后可能发生胰腺炎、出血、穿孔，但是几率较低。与其它外科手术相同，术前会跟病人谈话，如果病人愿意接受，则进行治疗。胰腺炎发病几率较大，约1%或者更高；出血风险也有，但是穿孔的几率很小。如果病人接受手术风险，医生会尽最大努力为病人做微创治疗。
病人因胆总管结石住院，先要分析病情，告知微创治疗风险。胆总管堵塞相当于下水道堵塞，应告诉病人结石堵到胆总管会造成的危害，如梗阻性黄疸、肝功能损害、化脓性胆管炎、肝脓肿、胰腺炎等。病人如果适合微创手术治疗，应尽早治疗。手术过程中的风险，如胰腺炎、出血、穿孔等，如果病人愿意承担，尽早行ERCP手术治疗。术后如果没有并发症，3-5天可以出院。