肺部活检主要用于肺部病变的病理诊断，临床目前最常用于肿瘤的病理诊断，也是必要性最大的检查。除此之外，还与其它学科合作诊断感染性病灶。但感染性病灶又分为几种情况，如果是普通感染，需要根据病灶位置决定是否获取病理标本，如果进行穿刺可能会导致感染快速扩散或者进展，属于穿刺禁忌症。对于肺部良性肿瘤或者有潜在恶性的良性肿瘤，也需要在第一时间进行穿刺活检，防止漏诊。

有一些非常特殊的病人发生了比较罕见的病理情况，这时必须经过穿刺活检获得病理标本，才能够明确诊断，比如临床经常遇到的淋巴瘤侵蚀肺部、恶性胸腺瘤、胸膜间皮瘤及特殊感染导致肺部占位性病变，其影像学检查结果与肿瘤非常类似，此时通过肺穿刺活检进行鉴别诊断非常重要。