慢性肾盂肾炎是指病程超过半年的发生于肾脏和肾盂的炎症，大多数是由于细菌感染引起。肾盂肾炎发生于肾脏，在儿科此类疾病归于泌尿道感染的范畴。慢性肾盂肾炎和尿路复杂情况密切相关，无尿路复杂情况时，慢性肾盂肾炎较为少见。常见尿路复杂情况包括反流性肾病和梗阻性肾病，反流性肾病是指尿液动力学方向不正常，由于膀胱输尿管反流或肾内反流导致的肾脏疾病。

正常情况下，肾脏产生的尿液经过输尿管到膀胱，膀胱输尿管反流是指尿液从膀胱经过输尿管反流回肾脏。儿科膀胱输尿管反流较为常见，由于膀胱、输尿管先天性发育异常、神经源性膀胱、非神经源性膀胱等膀胱功能障碍，引起尿流动力方向异常。肾内反流多见于先天性肾积水、梗阻性肾积水。梗阻性肾病是指各种原因包括尿路结石、肿瘤等引起的尿液流动障碍导致的肾脏疾病。反流性肾病和梗阻性肾病都容易合并感染，长期迁延不愈可以引起肾脏纤维化和变性，发生慢性肾盂肾炎，最终影响肾脏功能。如果没有早期发现、早期治疗，最后可能会发展为尿毒症。