首先肛瘘会发生癌变。肛瘘即有炎性物质反复对肛门、肛管进行炎性的刺激，长时间的刺激以后可能导致局部特殊变化，最后出现癌变。癌变时间目前报道最快的是12年，即12年肛瘘没有进行治疗，反复刺激以后最后发现的癌变，也称为肛瘘癌变。
还有一种情况是癌性肛瘘，因为癌引起来的肛瘘和上述问题不同。但是如果是单纯炎性肠病或者普通肛瘘，6年时间发生癌变的情况目前还没有报道。但是如果长期不进行治疗，则有可能发生癌变。
所以建议患者出现肛瘘后不应再拖延，病史6年的患者应该尽快进行手术治疗。