目前幽门螺杆菌标准的治疗方案是四联疗法，即一种质子泵抑制剂、一种铋剂以及两种抗生素。幽门螺杆菌作为胃内的细菌，需要使用两种抗生素进行治疗，不同区域的病变对抗生素的敏感性不同。所以患者需选择对幽门螺杆菌更为敏感的药物，常见的抗生素包括阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、呋喃唑酮、四环素等相互配合，可以治疗幽门螺杆菌。
抗生素具有一定的胃肠刺激性，患者需加用铋剂，即黏膜保护剂，可以起到一定的增加抗生素敏感性的作用。另外，质子泵抑制剂，包括奥美拉唑、艾司奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等药物，能够通过抑制胃酸保护胃黏膜，并且能够增加抗生素的敏感性。因此，如果患者感染幽门螺杆菌，无需过分恐慌，到正规医院选择正规的四联疗法，则可以将幽门螺杆菌很好地清除。
