艾灸命门最佳时间在白天是上午进行艾灸，上午艾灸可以选择9-10点钟灸命门。此时阳气正处于生发状态，灸命门可以补充阳气，使肾阳更加充足。而且阳气在生发的阶段，对阳气的增长、聚集有良好的促进作用。

四季中灸命门最合适的时候是在冬天，因为冬天灸命门，此时阳气实际上不充足，外界比较寒冷，灸命门的时候不容易上火。假如按节气再分，实际上可以在阴阳交汇的时候进行艾灸，也就是春分、秋分、冬至、夏至进行艾灸。此时由于阴阳正在转换的时候，春分、秋分是阴阳刚好平衡的时候，冬至、夏至刚好阴阳处于相互转换，阴极阳生、阳极阴生的时候。此时进行艾灸，对阳气的补充有较重要的意义，所以会在春分、秋分，冬至、夏至的时候灸命门。