多数巧克力囊肿的患者不能怀孕，临床非常年轻的女性，囊肿非常小如1-2cm，确实有怀孕概率，但对于年纪比较大、囊肿比较大的女性，这种可能性非常低。对于有生育要求的年轻女性，如果巧克力囊肿＞5cm，试孕不成功，应该积极的进行手术治疗。手术以后，根据子宫内膜异位症的严重程度、巧克力囊肿大小、年龄，得出综合的评价指标。如果概率非常低，一般＞35岁，超过3年不怀孕，囊肿非常大的患者，建议积极进行试管婴儿治疗。对于以前做过手术的女性，又有生育要求，囊肿复发时不建议再进行手术，可以考虑介入治疗即穿刺，积极进行辅助生育技术，包括试管婴儿治疗，增加妊娠率。