亚急性甲状腺炎的主要原因是感染，多见于口腔病毒或者上呼吸道病毒，如腮腺病毒、柯萨基病毒、腺病毒、EB病毒，上述病毒是引起腮腺炎、咽炎或者上呼吸道炎症的常见原因。同时上述病毒也侵犯甲状腺组织，导致甲状腺产生炎症，炎症较急时会引起喉咙疼痛、颈部肿胀，炎症导致储存在甲状腺里面的激素大量释放到血液中，造成甲状腺激素过多，形成甲亢，引起一系列甲状腺毒症，如心慌、出汗、气急、虚脱等症状，部分患者存在发热症状。

亚急性甲状腺炎比急性甲状腺炎病情轻，不如慢性甲状腺炎隐匿。甲状腺就位于咽喉前面，亚急性甲状腺炎常和慢性咽炎相混合，喉咙不舒服、颈部不舒服时，会误认为是咽炎，实际上可能是亚急性甲状腺炎。如果患者颈部疼痛、咽部疼痛，应及时到医院就诊，患者要提醒医生是否是甲状腺出现问题，是否存在急性甲状腺炎。