高位复杂性肛瘘临床采取手术治疗，手术方法包括：
1.切割挂线手术：用于克隆氏病引起的肛瘘。该术式有可能会对病人造成严重后果，临床上不作为首选治疗方法；
2.全括约肌保留手术：具体术式包括瘘管切除推移瓣手术、瘘管结扎手术以及三间隙引流手术。全括约肌保留手术可以降低术后肛门功能损伤程度，现在临床作为高位复杂性肛瘘的首选治疗方法。