口腔颌面部囊肿是一类良性病变，主要好发于颌骨内，上颌骨、下颌骨都可以发生，下颌骨更多。口腔颌面部骨骼主要包括上颌骨和下颌骨，下颌骨好发囊肿主要原因是其是扁骨，跟全身其它骨骼不一样，比如股骨、胫骨、腓骨等长骨。扁骨好发于囊肿的原因是扁骨内有些牙胚，在胚胎发育过程中有些残留上皮遗留在颌骨中，时间长以后会发生囊性变，从而出现囊肿，常见的有根尖囊肿、始基囊肿、角化囊肿。

在临床有些患者因为牙齿龋坏造成根尖炎，炎症长期不愈，最终导致炎性囊肿。有些患者受外伤后会发生血外渗性骨囊肿，即在口腔中有个小血管受损伤后血液不断渗出，这时会导致囊性病变发生，但这种囊肿相对少见，而且也没有明显复层鳞状上皮，即囊肿外皮。