肛瘘手术一般会引起患者疼痛，肛瘘手术在麻醉下进行，手术过程中不会疼痛。肛门周围属于脊神经支配区域，手术过后麻药消失会引起疼痛，随着时间疼痛症状会减轻。患者如果术后出现疼痛，可以对患者进行安慰疏导，同时配合药物治疗缓解疼痛症状。