结核性脑膜炎的发病原因是患者存在机体免疫力低下，如长期服用激素、使用免疫抑制剂，或者存在营养状态欠佳，如做了胃大部分切除术后的患者，相对更容易感染。

其致病菌主要是结核杆菌，通过扩散侵犯脑膜、脊膜引起的炎症性病变。结核杆菌可能是通过血流播散至软脑膜，在软脑膜下形成结节，导致结核结节破溃，侵犯蛛网膜下腔，或颅骨结核直接侵及软脑膜，引起蛛网膜下腔炎症。此外，结核性脑膜炎患者往往有肺结核、骨结核、肾结核等颅外结核病灶。