新型冠状病毒与柯萨奇病毒是两类完全不同的病毒，虽然都属于RNA病毒，但是在病毒分类中是两种不同的分类。新型冠状病毒属于β属的冠状病毒，是迄今为止发现的第7种可以感染人类的冠状病毒，特性是传染性强但致病力弱，即所致疾病是轻症和普通型多，重症和危重症相对少，与SARS冠状病毒不同。

柯萨奇病毒是可以引起呼吸道和肠道感染的病毒，与引起脊髓灰质炎的病毒特性相似，分为A型和B型。柯萨奇病毒A型引起的手足口病被纳入我国法定传染病的丙类传染病，而新型冠状病毒引起的新型冠状病毒肺炎被我国传染病法纳入乙类传染病，但按甲类传染病进行管理。