恶性肿瘤主要有两种来源，一种来源于上皮组织，一种来源于间叶组织。胃肠道间质瘤为来源于间叶组织的一种肿瘤，有一定的恶性倾向。目前认为胃肠道间质瘤是一种恶性肿瘤，根据肿瘤的大小、和分裂象的不同，其恶性程度不同，分为极低危、低危、中危、高危的胃肠道间质瘤。胃肠道间质瘤可见于整个胃肠道，其中胃间质瘤较多见。