根据胃肠道间质瘤的位置及肿瘤大小不同，其症状有所差异：

1、胃间质瘤：如果肿瘤较小，症状不明显，仅表现为便潜血阳性；随着肿瘤的增大，出现上腹部隐痛及不完全或完全性梗阻等症状；

2、小肠或结肠间质瘤：当肿瘤生长到一定程度时，可引起便血阳性及胃肠道的梗阻等症状；

3、胃肠道间质瘤晚期：出现血行转移，如转移到肝脏，可出现肝脏的转移灶占位性症状，患者出现右上腹疼痛，部分患者晚期出现肿瘤消耗症状。