小儿慢性结肠炎的病因包括：

1、广义的慢性结肠炎：由感染因素或非感染因素引起。感染因素多指痢疾杆菌、大肠杆菌、志贺氏菌等细菌感染，还可由寄生虫引起，如阿米巴痢疾；非感染性原因多与食物过敏有关，如牛奶蛋白过敏引起过敏性结肠炎，乳糖不耐受引起的慢性腹泻；

2、狭义的慢性结肠炎：多指溃疡性结肠炎，可由肠道感染、肠道免疫功能紊乱、基因异常等多种因素引起。