肛瘘的检查方法包括有：

1、通过医生目测可看到肛门周围有一个破溃口；

2、医生通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道；

3、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可确诊肛瘘，少部分复杂或难以确诊的患者，需要做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，现在通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。