心源性栓塞是指栓塞产生的部位为心脏，如房扑、房颤时，因为心脏心房出现不同程度蠕动，血液在心房中可能产生断流或涡流等非正常流动，导致微小血栓产生。血栓一旦随着心脏收缩，并脱落到全身组织脏器，便会引起脏器栓塞。

临床中常见的房颤，容易引起脑卒中，通常是由于部分小型栓子经动脉系统流入脑血管中时所致。成人较为常见的是卵圆孔未闭，即患者左右心房之间存在一处通道，某些未经肺循环的静脉血栓通过卵圆孔流入左心房，而后通过血液循环流入大脑，从而引起缺血性脑卒中。部分患者还存在扩张型心肌病，即左心腔或右心腔内已经形成血栓，血栓脱落进入肺脏，导致心源性肺栓塞，或脱落进入全身任意脏器导致栓塞表现，此类血栓的源头都来自心脏，故称心源性栓塞。