肛周脓肿，一般是由肛腺感染引起的，由于解剖特点非常容易积存粪便，在某些诱因下，如便秘、腹泻、劳累等，可出现抵抗力下降，或细菌致病力增强时，可出现感染，肛窦炎继续发展，感染增强，形成了肛周脓肿。95%以上的肛周脓肿都是由肛窦炎引起的。此外，痔疮感染、溃疡性结肠炎、克罗恩病、肛门直肠的外伤，也可以引起肛周脓肿。