低位直肠癌的发病原因与大肠肿瘤整体的发病原因是一致的，目前公认的理论支持是，低位直肠癌病因与基因突变有关，早期直肠肿瘤只是较小的息肉腺瘤，受基因突变影响，逐渐形成肿瘤，这是一个漫长的过程。另外环境的因素的影响，包括日常饮食习惯、饮食的种类、肥胖、吸烟等环境因素，可能增加肿瘤的发病率，包括直肠癌的发病率。