胃间质瘤的治疗主要分为以下两部分：
1、手术治疗：手术治疗是目前胃间质瘤的最佳治疗方式。对于胃间质瘤来讲，单纯依靠药物治疗很难将它彻底清除，若胃间质瘤相对较小，可通过胃镜进行切除手术进行治疗；若胃间质瘤较大，可通过手术切除与间质瘤相连的一部分胃，必要时甚至将整个胃部切除；
2、保守治疗：目前针对胃间质瘤有一些相对较好的特效药物，这些药物可使胃间质瘤缩小。患者可在术前或术后服用此类药物用以巩固手术治疗的效果。