胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为三类：
1、低度恶性：如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；
2、中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗；
3、高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。