益生菌主要是防止腹泻、便秘，调节机体免疫力，防止过敏。另外，益生菌在一定的程度上，也起到抗肿瘤、治疗疾病的作用。

关于益生菌的选择，首先必须选择活性益生菌株，现在市面上常见到的益生菌类乳酸饮料、酸奶等，对机体补充益生菌作用并不大，因为这些食物在运输及加糖类影响下，导致大部分益生菌失去活性，所以最终对人体补充益生菌，效果并并不明显。