肝门部胆管癌的治疗方法如下：

1、手术治疗：对有手术指征的肝门部胆管癌患者，手术治疗为首选方案。手术指征包括基本心肺功能、肝功能、黄疸情况、影像学表现等；

2、若患者不能进行手术治疗，可采用姑息性手术进行治疗，如PDCD支架与胆囊吻合术。姑息性手术并不能将肿瘤切除，所以只能在一些特定的环境下应用；

3、辅助治疗：如放疗、基因治疗、免疫治疗等。