复方玄驹胶囊对部分多囊卵巢有一定治疗作用。多囊卵巢是平时所说的多囊卵巢综合征，是临床上一种常见的内分泌代谢性疾病，患者突出的症状是高雄激素血症和慢性不排卵，因此而出现的多毛、痤疮、闭经和不孕等症状。

多囊卵巢在中医学中的证型比较常见的是痰湿型和肾之阴阳失调型，复方玄驹胶囊对于肾之阴阳失调中的肾阳虚衰型有一定的作用，因为复方玄驹胶囊的主要作用是温补肾阳。但是对于痰湿型和肾阴虚这两个证型的多囊卵巢，复方玄驹胶囊没有明确的治疗作用。多囊卵巢的治疗其实要在月经中分期进行辨证论治，因此更加推荐在专业医生的指导下分期进行个体化的辨证治疗，而不是统一采用某种中成药。