川崎病是全身性的系统性血管炎，全身各个系统和脏器都可以受累，以心血管并发症最为严重。川崎病已经成为儿童获得性心脏病的最主要原因，川崎病的心血管并发症包括心肌炎、心律失常、传导阻滞，同时可能合并心包积液，严重的可能会出现重症心肌炎，甚至出现心力衰竭表现。

冠状动脉病变也是川崎病最主要的并发症，可能会合并冠状动脉扩张、冠状动脉瘤、冠状动脉内的血栓形成，后期可能会合并冠状动脉狭窄。近年来还有川崎病急性期，出现血流动力学改变，叫川崎病休克综合征，是比较少见的川崎病并发症。如果早期没有积极识别和治疗，可能会影响患儿预后，甚至有生命危险。

川崎病患儿早期可能会合并巨噬细胞活化综合征，可能会出现持续高热，血象可能会提示贫血、低白蛋白血症、低血小板血症、白细胞减低，骨髓里可能会出现吞噬现象，也是比较严重的并发症。

还有其他脏器比较轻微的并发症，如合并消化系统受累，可能会出现肝功的损害。可能会出现血液系统受累，可能会出现贫血，还有可能会出现泌尿生殖系统并发症，如出现尿里面有潜血、蛋白，或者做泌尿系超声提示双肾弥漫肿大。

还有可能会有神经系统并发症，出现无菌性脑膜炎或面神经麻痹等。川崎病的并发症各种各样，其中以心血管并发症尤为严重，其他系统的并发症多是短暂、一过性。