染色体疾病的种类非常多，目前已经报道的具有上万种。染色体疾病是指由于染色体异常所引起的疾病，主要包括染色体的数目异常和染色体结构异常。染色体数目异常引起的疾病最常见的有21-三体综合征，也就是常讲的唐氏综合征，还有18-三体综合征、13-三体综合征、特纳综合征等，都是由于染色体的数目发生改变而导致的疾病。

对于染色体结构异常所导致的疾病，包括染色体非平衡性的结构重排，比如染色体部分三体等，都会导致基因的不平衡性，从而引起疾病。另外一种是平衡性的结构重排，在破坏了染色体功能基因的时候，也会导致一些表型的异常，从而引起疾病，此类染色体疾病也是相对比较少见。