卵巢囊肿会不会影响怀孕根据囊肿的类型来定。卵巢囊肿类型包括卵巢浆液性囊腺瘤、卵巢黏液性囊腺瘤、卵巢子宫内膜异位症囊肿，子宫内膜异位症囊肿又称为巧克力囊肿。一般黏液性囊腺瘤和浆液性囊腺瘤属于良性，不会对怀孕造成影响。而子宫内膜异位症囊肿即巧克力囊肿，对妊娠存在一定影响，引起不孕症发生率约40%。
巧克力囊肿指子宫内膜异位症异位到卵巢，随月经周期变化，可以脱落、出血，血液积聚在卵巢内部时间较长后形成融化巧克力样物质。其可以影响盆腔微环境，影响卵子和精子受精，引起免疫功能改变，使女性产生抗子宫内膜抗体，影响受精、怀孕。巧克力囊肿女性还会出现盆腔粘连，影响输卵管通畅度以及怀孕。
