男性尿道炎通常由微生物逆行感染引起，逆行感染是男性尿道炎比较常见的原因之一。逆行感染的病原体有细菌、支原体、衣原体，较常见的细菌是大肠杆菌和链球菌。如果是链球菌感染，则称之为淋病，是我国法定传染病。除细菌感染外，支原体、衣原体感染也可引起尿道炎症反应，支原体、衣原体感染也是我国性传播疾病之一。

当男性出现尿频，尿急、尿疼时，通常是逆行感染造成，因此需进行尿液培养或分泌物涂片检查，了解是何种细菌或病原微生物引起感染，才可针对病原微生物选取适当的抗生素治疗。除尿道感染的病原微生物外，还有个别患者会出现尿道解剖畸形，也会引起尿路反复感染，而反复尿道炎出现时，必须进行影像学检查，了解有无合并解剖畸形存在。