甲状腺功能减退通常不会引起关节疼痛，如果甲状腺功能减退的患者合并以下疾病，会发生关节疼痛：

1、高尿酸血症：高尿酸血症容易引发痛风发作，痛风发作会引起关节肿痛，患者常见表现为在足的掌指关节，以及膝关节、踝关节出现红、肿、热、痛等；

2、自身免疫性疾病：部分患者由桥本甲状腺炎引起甲状腺功能减低症，桥本甲状腺炎患者多数同时合并其他自身免疫性疾病。多数自身免疫性疾病会合并关节肿、痛，通常不会合并皮肤发红或皮温增高，且疼痛不明显，仅表现为关节的游走性水肿，比如这段时间是膝关节，过段时间又变成踝关节。出现上述症状的患者应及时到医院就诊，通过抽血化验自身免疫性指标，明确诊断。