腹泻艾灸部位一般包括腹部的中脘穴、天枢穴、神阙穴、关元穴、归来穴，但并非所有穴位需进行艾灸，有时甚至直接将灸盒放在其上进行艾灸即可。一般对于虚寒性腹泻，如外邪直中脾胃导致腹泻，或因脾胃本身虚寒存在慢性腹泻，可进行艾灸。

但湿热泻一般不进行艾灸，另外会灸背部时一般以脾俞穴和胃俞穴为主。如果长期慢性腹泻且影响到肾阳时，可灸肾俞和命门穴。同时也可以灸足部穴位，一般选择足三里穴、三阴交穴、上巨虚穴，多数用艾条灸即可。对于腹部，可选择隔姜灸、隔盐灸，对于阳气虚衰患者，可在背部命门穴和肾俞穴用隔附子灸，也会有良好效果。