沙眼衣原体不是细菌，也不是病毒，是介于细菌和病毒之间的一种病原体。主要是容易侵犯眼睛表面的结膜细胞、角膜细胞，所以沙眼主要的表现是在眼睛表面，形成沙眼滤泡、沙眼乳头。这种为持续性的损害，在急性期时损害比较严重，病人会出现眼睛疼、红肿、畏光、流眼泪的表现。

如果病变时间长以后，慢慢进入到稳定期、瘢痕期时，由于破坏眼睛表面的正常组织结构，会在眼睛表面形成瘢痕，产生后遗症。比如出现沙眼的角膜血管翳，会明显的影响或损害视力，或者是出现沙眼引起的泪囊炎，也会长期的流脓、流眼泪，情况比较严重。