胃镜下病理组织化验幽门螺杆菌的准确性要更高，因为它已经精确到组织学，在医学上属于金标准。呼气试验不管是碳13还是碳14，相比较于胃镜的幽门螺杆菌检测而言，都是间接指标，而且有很多因素会影响到它。

最多见的是近4周，尤其是2周以内口服过抗生素、质子泵抑制剂、H2受体拮抗剂，最常见的药物比如阿司匹林、克拉霉素、左氧氟沙星、甲硝唑、替硝唑等，质子泵抑制剂有奥美拉唑、泮托拉唑等拉唑类的药，还有法莫替丁、雷尼替丁等替丁类的药物，包括枸橼酸铋钾、果胶铋都会影响到碳13或者碳14呼气试验的准确性。