膀胱结石长期刺激将引起膀胱黏膜损坏，引起尿路感染；长期结石刺激，可引起膀胱黏膜恶变；膀胱结石的病因，比如神经源性膀胱等，可导致长期排尿不畅，引起膀胱功能失代偿，造成膀胱顺应性下降、肾脏积水以及肾功能损伤等；因而患者也需检查膀胱结石的病因，及时治疗原发疾病，否则原发疾病持续存在，可反复引起膀胱结石疾病。