膀胱结石手术风险因人而异，膀胱结石患者伴有的合并症可增加手术的风险性。体外冲击波碎石是风险最低的治疗方法；经尿道膀胱镜碎石可能出现尿道损伤、膀胱损伤、假尿道形成以及膀胱穿孔等并发症；治疗病因过程中，也可能出现并发症，由尿道狭窄引起的膀胱结石，可能出现尿外渗、反复狭窄；由前列腺增生引起的膀胱结石，术后可出现血尿、尿失禁或直肠损伤；由神经源性膀胱引起的膀胱结石，可能出现泌尿系的梗阻、渗漏以及狭窄。