内镜下全层切除术的临床指征有：

1、适应症：适用于位置较深的病灶切除，较常见的是间质瘤，主要目的是保证病灶切除的完整性。少部分如类癌、脂肪瘤、神经内分泌瘤等，为了保证病灶切除的完整性，可能采用全层切除；

2、禁忌症：主要根据病人情况，如病灶是否适合全层切除。病人的基础疾病，如较严重的心肺功能障碍，能否耐受手术；病人有高血压，口服抗凝药物，如阿司匹林、华法林，会导致出血风险偏高，需停用抗凝药物3-7天才可进行手术。