消化内镜检查为内镜通过自然腔道进入器官内部，对人体消化道的各个部位进行内镜检查。虽然消化道从口腔开始直到肛门是连续的，但是不同部位需不同种类的内镜。

消化内镜包含胃镜、肠镜、十二指肠镜、超声内镜、超声肠镜、超声胃镜，双气囊小肠镜和胶囊内镜。如今较进步的消化内镜为胶囊内镜，即把胶囊内镜直接吞进消化道内，其通过胃肠道的蠕动进行自动拍摄。