胃镜检查是十二指肠溃疡诊断的金指标，通过胃镜可看到十二指肠内溃疡面的位置、大小、数量等。另外，还可检查酶类，如胃蛋白酶等。由于大部分胃溃疡患者存在幽门螺杆菌感染，且量较高，故需做胃镜加碳13或碳14检查，可反应口腔到十二指肠幽门螺杆菌的总量，以帮助临床确定用药。临床上，抗幽门螺杆菌的抗生素耐药性发病率高，若检查发现菌量较低，不主张使用抗生素，若菌量多，可考虑联合用药。