松果体区生殖细胞瘤会造成梗阻性的脑积水，可通过脑室外引流缓解，或采取脑室腹腔分流术的引流方式，即将引流管从脑室导流至腹腔内，引流管会留在患儿体内，一般无需再做后续处理。对于需切除的肿瘤，可进行活检术精确地取少量组织进行病理化验。对残留的肿瘤，可进行彻底的切除，需要打开骨瓣，分开硬脑膜，深入到肿瘤的部位进行切除。