脑室外引流在手术或滞留管的过程中，可能会增加颅内感染的风险。脑室腹腔分流术可能会存在引流过度的情况，患儿可能会出现低颅压，出现体位性头痛、间歇性腹痛等临床表现。对于不同部位颅内生殖细胞瘤的手术，可能在手术过程中损伤到一些正常脑组织，进而影响其神经功能。如鞍上区的生殖细胞瘤，如果进行手术，可能会影响到群体功能。松果体区生殖细胞瘤的手术可能会影响到周围部位如中脑等部位的脑功能。