肝内胆管结石通常无法自愈，即使是5mm的比较小的肝内胆管结石也不能自愈。但如果是单发的5mm大小的肝内胆管结石，临床上无症状，可定期观察，暂时无需做特别处理，无需吃药、打针、手术，但要每年定期复查，做最简单的B超检查即可，观察结石是否增多、增大。

如果是多发的5mm大小的肝内胆管结石，临床上又出现腹痛、畏寒发热、胆管炎症状，需要进行外科处理，包括手术、ERCP。肝内胆管结石，特别是比较小的结石，在临床上需要与其他疾病进行鉴别，包括肝脏的钙化灶、肝脏血管瘤，因为在B超下以上疾病均表现出高密度影。