颅咽管瘤手术难度大、复发率高，发现时肿瘤较大，多与下丘脑等重要结构粘连，手术易残留，导致复发，还可能出现水电解质紊乱、尿崩症、激素水平下降、下丘脑反应等术后并发症，有研究表明4年复发率约为1/3，而国外文献统计，10年复发率在10％-18％，实际复发率可能更高，影响复发率的因素如下：
1、肿瘤大小：肿瘤越大越难切除，切除不净易复发；
2、生长部位：如膈下型，在鞍内可全切，基本不复发，鞍上型和脑室内型易复发，复发率比平时高；
3、术者水平：手术者水平高，肿瘤全切的几率大，复发率低，甚至可治愈，初学者或手术经验不丰富，复发率高。
