低位时的保肛手术常见并发症具体如下：

1、吻合口问题：吻合口瘘即肠两端接口出现渗漏，导致腹腔感染腹膜炎，这是比较严重的并发症。现在处理也不会特别困难，经过引流就能达到目的，有些可能需要二次手术；

2、吻合口狭窄：狭窄的发生比较高，特别是现在做新辅助的放化疗术后，容易出现吻合口狭窄。狭窄的处理就是扩肛，将狭窄的部位扩开，如果比较严重可能就需要再次手术。